污水处理中，次氯酸钠除了杀菌消毒外，还有以下多种功用：
氧化有机物
次氯酸钠具有强氧化性，能够与污水中的有机物发生氧化反应，将其转化为无害物质或易于处理的形态，从而降低污水中的有机物浓度，减少化学需氧量（
COD）和生化需氧量（
BOD），提高污水的可生物降解性。
在一些难降解有机废水的处理中，如印染废水、化工废水等，次氯酸钠可作为一种预处理剂，破坏有机物的分子结构，提高废水的可处理性。
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脱色与漂白
借助其强氧化性，次氯酸钠能够分解污水中的色素和有机物。在印染、造纸等行业的
wastewater 处理中，可有效去除废水的颜色，使其达到排放或回用的色度要求。
例如，对于含有偶氮染料、蒽醌染料等的印染废水，次氯酸钠可将染料分子中的发色基团氧化分解，实现脱色目的。
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助凝作用
次氯酸钠可氧化污水中的有机物，改变其表面电荷和性质，使其更易于与混凝剂发生作用，形成较大的絮体，从而提高混凝沉淀的效果，增强对水中悬浮物和胶体物质的去除率。
在给水处理和一些污水处理工艺中，与混凝剂联合使用，可优化混凝过程，改善出水水质。
去除氨氮
次氯酸钠可与污水中的氨氮发生反应，生成氯胺等化合物，氯胺虽氧化性较次氯酸弱，但能在水中持续发挥杀菌作用，并且进一步氧化可将氨氮转化为氮气去除，达到脱氮的效果。
当污水中氨氮含量较高时，通过投加适量的次氯酸钠，可有效降低氨氮浓度，满足排放标准或回用要求。
除铁除锰
次氯酸钠能够将污水中的二价铁离子氧化为三价铁离子，三价铁离子易水解生成氢氧化铁沉淀，从而实现铁的去除；同时，也可将四价锰离子氧化为二氧化锰沉淀，进而去除污水中的锰。
在地下水或其他含铁锰较高的水源处理中，次氯酸钠可用于除铁除锰，提高水质。
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膜清洗与维护
在膜分离技术应用于污水处理的系统中，如超滤、反渗透等，次氯酸钠可作为膜清洗剂，通过其氧化和杀菌作用，去除膜表面的有机污染物、微生物及其代谢产物，缓解膜污染，恢复膜的通透性和性能，延长膜的使用寿命。
例如，在
MBR 工艺中，定期使用次氯酸钠对膜进行清洗，可有效维持膜的过滤性能，保证污水处理系统的稳定运行。
抑制藻类生长
能够破坏藻类细胞壁，抑制藻类的生长和繁殖，在水体富营养化导致藻类大量繁殖的情况下，投加次氯酸钠可控制藻类数量，减少藻类对水体造成的不良影响，如异味、颜色变化等，改善水体环境。
破 氰
在电镀废水处理中，次氯酸钠可与氰化物发生氧化反应，将氰根离子氧化为氰酸根离子，再进一步氧化分解为二氧化碳和氮气等无害物质，实现对氰化物的有效去除，降低废水的毒性。
